江西省科學院創建于1958年，當時為中國科學院江西分院，邵式平省長兼任院長，汪東興等十五人任副院長。1962年已經擁有11個研究所(站)、全院職工近1000人。因歷史原因，1964年被撤消。

1978年全國科學大會后，江西省科學院于1979年7月重新組建，成為直屬于江西省人民政府的綜合性自然科學研究開發機構。恢復建院以來，江西省科學院始終堅持以科研為中心，不斷提高科技創新能力，積極為國家和江西省經濟社會建設服務，先后共取得科研成果600余項，其中獲省部以上獎勵60余項，獲國家科技進步獎二等獎1項，國家自然科學獎三等獎1項，國家科技進步獎三等獎1項，中國科學院科技進步一等獎1項，農業部科技進步一等獎1項，省部級科技進步二等獎15項。獲得國家發明專利50余項，發表學術論文1600余篇。上世紀80年代，江西省科學院組織了浩大的鄱陽湖多學科綜合科學考察，完成了88萬字的《鄱陽湖研究》學術專著和鄱陽湖地圖集，這項研究成果為我省通盤研究和綜合開發利用鄱陽湖提供了科學依據，為山江湖工程的開展奠定了基礎。